eM Client の現バージョンでは、フォルダの並べ替えはサポートされていません。理由としては、アカウント間の一貫性を保つためにフォルダの並び順を固定しているためです。eM Client で表示されるフォルダの並び順は、常に「受信トレイ」、「送信済み」、「ごみ箱」、「下書き」、「迷惑メール」、「すべてのメール」そしてその他のフォルダがアルファベット順に表示されるようになっています。